《光灵：武士之魂》是《光灵》的衍生作品，背景是同一个宇宙，但这回来到日本的幕府末期与明治时代之间，浪人伊藏与半兽人雷登并肩合作，护送拥有魔杖的精灵小女孩前往北方的精灵国度……
很久以前四处游荡的羽入一族来到雏见泽定居，虽然他们希望能够和当地居民共存，但是在排外心的作用下遭到了拒绝，并发生了流血事件。这时，羽入以人类的姿态和古手神社的神主进行交涉，而且和神主的后继者有了孩子。
故事发生在一个叫“蒲岛”的偏远小岛上。尽管风景如画，那里的人简单自由，但世代居住在那里的土著人受到过去事件和古老繁文缛节的限制。随着时间的推移，看不到未来希望的居民开始自暴自弃。
