独行杀手剑琢磨（千葉真一 饰）得到最新任务，他故意犯罪进入警察局，在众目睽睽之下杀害一名嫌疑犯，随后又成功杀害另一名携带金佛的外国人。他的大胆举动以及出色身手引起了警员山上七郎（島直樹 饰）的注意，他继续调查的想法未得到上层支持，于是辞职展开独立调查，并从师傅正武馆馆长政冈宪道（鈴木正文 饰）了解到琢磨的来历。 指示剑琢磨完成两宗命案的幕后黑手为龙虎殿堂主太田黑（田中浩 饰），他表面经营亚洲综合格斗中心，暗中从事非法活动。他邀请正武馆参与综合格斗中心的建设，在遭到拒绝后，太田黑转而要求琢磨杀害政纲。琢磨不愿谋害这位良师益友，他与太田黑正式决裂，于是不得不去应付来自各个流派、身怀绝技的杀手，更要面对他的宿敌志坚原楯城（石橋雅史 饰）……
但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使用了"最终十字屏障"，封印了这股邪恶力量。可是，使用"最终十字屏障"需要使用大量的光能，这就意味着奥特曼失去了变身的能力。 于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是梦比优斯奥特曼。
随着《哥斯拉》和《金刚：骷髅岛》在全球的成功，传奇影业和华纳兄弟共同开启了怪兽宇宙系列的新篇章——史诗般的动作冒险。在这部电影中，哥斯拉将与流行文化中已知的许多怪物展开竞争。
