世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
这是一部电影版的《命运/住宿之夜》，以人气动漫系列《天空的边界》的蘑菇那须执导的《原始月亮》为原型，并在游戏和电视动画等各种媒体中发展。男孩和警笛失去了一切，因为这场大火烧毁了小镇，并被称为魔术师的人带走了。
