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在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。

在都内的某所高中，某天转入了两位转学生。她们是认真而天然、无法判断其言行的洲崎绫，以及展露天真烂漫的笑容、发呆吐槽皆有所长的西明日香。时而困惑时而爆笑，明日香和绫今天也度过快乐的一天。