2075年，随着人类对太空的不断开发，太空垃圾成为了社会问题。这些被废弃的卫星、火箭零件之类的碎片围绕着轨道运转，危及周围的太空站和航天船的安全。星野八郎太（田中一成 配音）所在的残骸课，就是专门负责回收或清除太空垃圾的部门。
为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。
