在私立莉莉安女子学院，有这样一个制度，新生应该选择一个学长，两人将成为“姐妹”。在学校学习期间，姐姐会照顾并教授姐姐各方面的生活礼仪。在学院里，山百合协会的名字如雷，作为校长，小笠原和子（伊藤美由纪配音）、黑口理子（森田名美配音）和佐藤佐加（Masamuchi Keimei配音）是学院女孩们羡慕的对象。他们被称为学院的三朵玫瑰，在工作日，他们和他们的妹妹，也被称为玫瑰花蕾，负责管理学生会的规模问题。平凡的少女Fuzawa Yousi（吉田佳奈配音）阴差阳错地成为了祥子的玫瑰花蕾，同时也肩负着管理山百合俱乐部的责任。在与其他花蕾相处的过程中，一种温暖而轻松的校园生活开始了。
由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲，导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上，主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时，与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起，实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”，并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中，青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析，哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余，即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了，现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了，消失了。”面对他们，庆南回答说，“这是用人手夺回地球的最后机会。”，注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的，他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的，他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”，并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。
